Doktor Mikao Usui kierował chrześcijańskim seminarium w Japonii. Pewnego razu uczniowie zapytali go co mógłby powiedzieć o technikach uzdrawiania jakie stosował Jezus Chrystus. Usui jednak nie umiał znaleźć odpowiedzi na postawione mu pytanie. Zrezygnował więc z posady i wyruszył poszerzać swoją wiedzę aby znaleźć rozwiązanie na to pytanie. Studiował w Ameryce gdzie uzyskał tytuł doktora teologii. Badał pisma chrześcijańskie, chińskie, indyjskie ale nie znalazł w nich odpowiedzi, których szukał. W następstwie jego dociekiwań jego kroki skierowały się w stronę klasztoru. Stary opat zgodził się aby Usui pozostał i kontynuował prace w poszukiwaniu nurtujących go pytań. Jednak pobyt w klasztorze nie przedstawił pożądanego rezultatu. Po wspólnych medytacjach duchowny i Usui postanowili iż ten drugi uda się na świętą górę Kurama w Tokio i tam przez 21 dni będzie pościł i medytował a wszystko po to aby otrzymać odpowiedzi na postawione mu pytania. Wziął ze sobą 21 kamieni, które służyły do odmierzania dni. 

Usui medytował aby mógł rozwiązać wszelkie niejasności. Podczas 20. dni  nic się nie zadziało. Natomiast dopiero 21. dnia o świcie, gdy niebo było jeszcze ciemne. Na niebie pojawił się snop jasnego światła który bardzo szybko zbliżał się i powiększał. Usui zdawał się być przerażony. W tym momencie światło trafiło go w środek czoła; myślał, że umiera, stracił świadomość i znalazł się w transie. Podczas wizji ujrzał  złote symbole . Właśnie wtedy uzyskał odpowiedź na pytanie swoich uczniów. Tak narodził się system uzdrawiania Reiki. Po tym doświadczeniu Usui poczuł, że jest pełen energii, mocy i radości. Kiedy schodził już ze świętej góry skaleczył się w palec u nogi - położył dłoń i natychmiast krwawienie ustało oraz zniknął ból. To był pierwszy cud. Następnie poszedł do gospody, gdyż był bardzo głodny, zamówił obfitą strawę. Karczmarz, wiedząc o praktyce Usui, odradzał mu tak duży posiłek po długotrwałym poście, gdyż mogło to zaszkodzić jego zdrowiu, mimo tego pożywienie, które zjadł nie zaszkodziło mu. Był to drugi cud. 

Wnuczka karczmarza cierpiała od wielu dni na silne bóle zębów. Dr Usui przyłożył dłonie do opuchniętej twarzy dziewczynki i ta natychmiast poczuła się dobrze a ząb przestał boleć. Był to trzeci cud.  Kiedy Usui wrócił  do klasztoru doszły go wieści, że  jego serdeczny przyjaciel przeor  leży chory w łóżku z powodu artretyzmu. Usui poszedł do mnicha i wspomógł proces uzdrawiania który i tym razem okazał się niezawodny. Był to czwarty cud. Spędziwszy w klasztorze pewien czas udał się do dzielnicy żebraków w Kyoto, aby tam uzdrawiać chorych. Pracując w tej najbardziej biednej i zapuszczonej dzielnicy miasta leczył nędzarzy i pomagał wrócić im do normalnego trybu życia. Z biegiem czasu zauważył, że wracają oni do swojego trybu życia . Zapytał więc dlaczego to robią. Otrzymał rożne odpowiedzi. Jedni uważali, że nie potrafią poradzić sobie z odpowiedzialnośćą a inni uważali, że najłatwiej jest być właśnie żebrakiem. Usui nie potrafił zrozumieć postawy ludzi, którym  dopiero co pomógł. Nie potrafił zrozumieć dlaczego ludzie nie chcieli niczego zmienić na lepsze i nie okazywali mu żadnej wdzięczności. Wtedy zrozumiał że wprawdzie wyleczył ich ciało z objawów choroby ale zapomniał o duchu który także potrzebuje uzdrowienia. Postawił pewien wniosek a mianowicie, że terapia Reiki może być skuteczna tylko przy wymianie energii. W przeciwnym razie, całkowite i prawdziwe uzdrowienie nie jest możliwe. Po tak bolesnym doświadczeniu dr Usui ustanowił 5 reguł duchowych Reiki . Opuścił dzielnicę żebraków. Zaczął nauczać jak ludzie powinni się sami leczyć. Przekazując reguły i nauki  doradzał wszystkim potrzebującym jak można zmienić swój sposób myślenia. Jednym z uczniów był Chujiro Hayashi. Został on wprowadzony przez Wielkiego Mistrza w arkana sztuki uzdrawiania Reiki. U schyłku życia Usui nadał Hayashi stopień mistrza Reiki powierzając mu treść nauk oraz ciągłość sukcesji. Dr Hayashi jako pierwszy w historii założył w Tokyo i Kioto kliniki Reiki. Uzdrawiano tam wszystkich cierpiących i potrzebujących pomocy. Osoby zainteresowane mogły także posiąść wiedzę o Reiki. W roku 1935 młoda 35 letnia Amerykanka Takata mieszkająca na Hawajach przybyła do kliniki w celu wyleczenia poważnej choroby nowotworowej. Pani Takata nie chciała poddać się operacji chirurgicznej dlatego przyjechała do Kyoto mając nadzieję osiągnąć zdrowie dzięki tej technice. Zadecydowała, że spróbuje uzdrawiania naturalną metodą. Poddała się terapii Reiki, która przyniosła zamierzony skutek . Wielkie wrażenie zrobiło na niej Reiki zrozumiała to dopiero wtedy gdy została całkowicie wyleczona. Zapragnęła nauczyć się leczenia tą metodą. Na  początku odmówiono jej nauki ponieważ do tej pory tą metodą zajmowali się sami mężczyźni. Jednak w końcu dr Hayashi wyraził zgodę.  Takata przez rok praktykowała w klinice aż do momentu otrzymania inicjacji. Wróciła na Hawaje i przez wiele lat z powodzeniem uzdrawiała. Dr Hujiro Hayashi miał przeczucie, że pomiędzy Stanami Zjednoczonymi a Japonią wybuchnie wojna - nie chciał brać w niej udziału, gdyż nie mógł pogodzić faktu związanego z byciem mistrzem Reiki z obowiązkiem służby w wojsku. Zadecydował więc, że jego następcą będzie właśnie Hawayo Takata. Przekazał jej całą wiedzę i wybrał ją na swego następcę i Mistrza Reiki.

W roku 1980 Takata zaczęła szkolić i wtajemniczać swoich uczniów i inicjować mistrzów. Do śmierci (grudziń 1980) inicjowała 22 mistrzów Reiki.